Sau khi Nhật Bản đầu hàng, Hirota đã bị bắt giữ như là một tội phạm chiến tranh loại A và bị đưa ra Toà án quân sự quốc tế Viễn Đông. Ông đã không biện hộ cho mình, và tòa án tuyên ông chịu các tội sau đây:

• Số 1 (tiến hành chiến tranh xâm lược, và chiến tranh hay chiến tranh vi phạm luật pháp quốc tế)
• Số 27 (vô cớ tiến hành chiến tranh chống lại Trung Hoa Dân quốc)
• Số 55 (bỏ qua cho nhiệm vụ để ngăn chặn những vi phạm luật của chiến tranh)

Ông bị kết án treo cổ, và bị hành quyết tại nhà tù Sugamo. Các mức độ nghiêm trọng của việc kết án ông vẫn còn gây tranh cãi, như Hirota chỉ chịu sự hành quyết theo dân sự như là kết quả của các tòa án Tokyo. Người ta thường nói rằng các yếu tố chính trong việc tuyên án tử hình ông do có những thông tin cho rằng ông đã tham gia vào vụ vụ thảm sát Nam Kinh, thông qua chứng cứ ông đã gửi tín hiệu tới đại sứ quán Nhật Bản tại Washington D.C.. Khi làm Bộ trưởng Ngoại giao, Hirota nhận được báo cáo thường xuyên từ Bộ Chiến tranh về tội ác chiến tranh của quân đội, nhưng không có bất kỳ cơ quan trong đơn vị quân đội mà chính họ vi phạm. Tuy nhiên, hội đồng đã lên án sự thất bại của Hirota nhấn mạnh rằng Nội các Nhật Bản hành động để chấm dứt các hành động tàn bạo.[2] Các yếu tố khác có thể có trong việc kết án Hirota còn bao gồm ký kết của ông về Liên minh Ba trục, và ác cảm của chính phủ Trung Quốc Quốc Dân Đảng đối với Hirota Sangensoku, mà họ xem là cung cấp các biện hộ cho sự xâm lăng của Nhật Bản dẫn đến hai cuộc chiến tranh Trung-Nhật (mà bắt đầu trong nhiệm kì thứ hai của Hirota làm Bộ trưởng Ngoại giao).